Sau khi một địa ngục bí ẩn giết chết gia đình anh, Shirou được Kiritsugu Emiya cứu và nhận làm con nuôi, người đã dạy anh về phép thuật và công lý. Vào một đêm, nhiều năm sau cái chết của Kiritsugu, Shirou đang dọn dẹp ở trường, thì anh phát hiện ra mình bị kẹt giữa cuộc chạm trán chết người giữa hai siêu nhân được gọi là Servant.
